Tıbbi Literatür ve Bilimsel Araştırmalarda Kullanılabilecek Genel Biyomedikal Literatür Veritabanları
Biyomedikal literatür veritabanları; tıp, sağlık bilimleri, biyoloji, farmakoloji ve klinik araştırmalarla ilgili bilimsel yayınları bulmak, karşılaştırmak ve araştırma konusundaki kanıtları değerlendirmek için kullanılır. Ancak her veritabanının kapsamı, indeksleme yöntemi ve sunduğu bilgi aynı değildir. Bu nedenle kapsamlı bir literatür taramasında tek bir kaynağa bağlı kalmak yerine, farklı veritabanlarının birlikte kullanılması daha uygun olabilir.
1. PubMed / MEDLINE
PubMed, biyomedikal ve yaşam bilimleri literatürüne ücretsiz erişim sağlayan, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi (NLM) tarafından geliştirilen ve sürdürülen temel literatür arama platformlarından biridir. PubMed’in içeriğinin en büyük bölümünü MEDLINE oluşturur; bunun yanında MEDLINE kapsamına girmeyen bazı yaşam bilimleri kayıtları, PubMed Central kayıtları ve NCBI Bookshelf içerikleri de PubMed üzerinden bulunabilir.
PubMed’de;
- makale başlığı,
- yazar,
- dergi,
- yayın yılı,
- konu,
- özet,
- PMID,
- DOI,
- yayın türü,
- klinik çalışma,
- sistematik derleme,
- meta-analiz
gibi farklı ölçütlerle arama yapılabilir.
PubMed’in en önemli özelliklerinden biri MeSH (Medical Subject Headings) sistemidir. MeSH, NLM tarafından oluşturulan ve biyomedikal kavramları hiyerarşik biçimde sınıflandıran kontrollü bir konu başlıkları sözlüğüdür. Bu sistem, farklı ifadelerle yazılmış ancak aynı kavramı anlatan yayınların daha sistematik biçimde bulunmasına yardımcı olur.
Örneğin yalnızca “heart attack” şeklinde kelime araması yapmak yerine ilgili MeSH terimlerinin kullanılması, literatür taramasının kapsamını genişletebilir.
En uygun kullanım alanları:
- Hastalıklar hakkında bilimsel literatür taraması
- Tanı ve tedavi araştırmaları
- Sistematik derleme ön araştırması
- Klinik araştırmaların bulunması
- Güncel tıbbi yayınların takip edilmesi
- Belirli bir hastalık, ilaç veya tedavi hakkında yayın taraması
Önemli not: PubMed bir tam metin arşivi değildir. Bir makalenin PubMed’de bulunması, makalenin tamamının ücretsiz okunabileceği anlamına gelmez. PubMed çoğunlukla bibliyografik kayıt ve özeti sağlar; tam metin için yayıncıya veya PubMed Central gibi açık erişim kaynaklarına bağlantı verebilir.
2. PubMed Central (PMC)
PubMed Central (PMC), ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi tarafından işletilen, biyomedikal ve yaşam bilimleri alanındaki makalelerin tam metinlerine erişim sağlayan açık erişimli bir arşivdir.
PubMed ile PMC aynı şey değildir. PubMed temel olarak literatürün bibliyografik olarak aranmasını sağlarken, PMC’nin temel özelliği tam metin makale arşivi olmasıdır.
Bu nedenle bir araştırmacı PubMed’de bir çalışma bulduktan sonra, çalışmanın ücretsiz tam metninin PMC’de bulunup bulunmadığını kontrol edebilir.
En uygun kullanım alanları:
- Tam metin bilimsel makale okumak
- Araştırmanın yöntem bölümünü incelemek
- Çalışmanın sonuç tablolarını değerlendirmek
- Sistematik derlemelerde kaynakların tam metnine ulaşmak
- Klinik araştırmaların ayrıntılarını incelemek
3. Embase
Embase, özellikle biyomedikal, farmakoloji, ilaç, tıbbi cihaz ve klinik araştırma literatüründe güçlü bir veritabanıdır. Elsevier tarafından sunulur ve özellikle ilaç araştırmaları ile farmakovijilans çalışmalarında önemli bir kaynaktır.
Embase’in önemli özelliklerinden biri Emtree adı verilen kontrollü konu başlıkları sistemidir. Emtree, biyomedikal ve yaşam bilimleri kavramlarını hiyerarşik olarak düzenler ve Embase’deki kayıtların konu bazında daha kapsamlı aranmasına yardımcı olur.
Emtree’nin kapsamı ilaç, hastalık ve tıbbi cihaz terminolojisi bakımından oldukça geniştir ve MeSH ile de ilişkilidir.
En uygun kullanım alanları:
- İlaç araştırmaları
- Farmakoloji
- Farmakovijilans
- Klinik araştırmalar
- Tıbbi cihaz araştırmaları
- Sistematik derlemeler
- PubMed/MEDLINE ile tamamlayıcı literatür taraması
Özellikle sistematik derleme ve meta-analizlerde PubMed/MEDLINE ile birlikte Embase kullanılması, literatür kapsamının genişletilmesi açısından önem taşıyabilir.
Erişim: Genellikle kurumsal abonelik gerektirir.
4. Scopus
Scopus, Elsevier tarafından sunulan çok disiplinli bir bilimsel literatür ve atıf veritabanıdır. Tıp ve sağlık bilimlerinin yanı sıra mühendislik, sosyal bilimler, yaşam bilimleri ve diğer akademik alanları da kapsar.
Scopus’un önemli özelliği yalnızca yayınları bulmak değil, yayınlar arasındaki atıf ilişkilerini incelemeye olanak sağlamasıdır.
Bu nedenle bir makaleyi bulduktan sonra:
- Bu makale kaç kez atıf aldı?
- Hangi çalışmalar bu makaleye atıf yaptı?
- Belirli bir araştırmacının yayınları nelerdir?
- Bir araştırma konusu zaman içinde nasıl gelişti?
- Belirli bir kurumun veya ülkenin yayın performansı nedir?
gibi sorular araştırılabilir.
En uygun kullanım alanları:
- Atıf analizi
- Literatür haritalama
- Araştırma eğilimlerinin incelenmesi
- Araştırmacı ve kurum yayınlarının takibi
- Sistematik literatür taramasının genişletilmesi
- Bibliyometrik araştırmalar
Erişim: Büyük ölçüde kurumsal abonelik üzerinden sağlanır.
5. Web of Science Core Collection
Web of Science Core Collection
Web of Science Core Collection, bilimsel yayınlar ve bunların atıf ilişkilerini takip etmek için kullanılan kapsamlı bir akademik atıf indeksidir. Clarivate tarafından işletilir.
Veritabanı; dergi makalelerinin yanı sıra belirli konferans bildirileri, kitaplar ve kitap serileri gibi farklı akademik yayın türlerini de kapsar. Core Collection içerisinde farklı uzmanlık ve yayın indeksleri bulunur.
Web of Science’ın önemli avantajlarından biri, yayınlar arasındaki atıf zincirlerinin geriye ve ileriye doğru takip edilebilmesidir.
Örneğin bir bilimsel makaleyi bulduktan sonra:
Kaynakları → makaleye atıf yapan çalışmalar → bu çalışmaların atıfları
şeklinde ilerleyerek araştırma alanının literatür haritası çıkarılabilir.
En uygun kullanım alanları:
- Atıf analizi
- Bilimsel etki araştırması
- Bibliyometrik çalışmalar
- Literatür haritalama
- Araştırma trendlerinin belirlenmesi
- Önemli ve etkili yayınların bulunması
Web of Science’ın kapsamı ve erişilebilen kayıtlar kullanılan aboneliğin kapsamına göre değişebilir.
6. Google Scholar
Google Scholar, akademik yayınları geniş bir web tabanlı ortamda aramaya yarayan akademik arama motorudur.
Dergi makalelerinin yanı sıra;
- kitaplar,
- tezler,
- konferans bildirileri,
- kurumsal arşivlerdeki çalışmalar,
- raporlar,
- ön baskılar,
- akademik web sayfalarındaki belgeler
gibi farklı akademik içerikler de sonuçlarda görülebilir.
Bu geniş kapsam, özellikle belirli bir konu hakkında ön araştırma yapmak ve kaynak keşfetmek açısından kullanışlıdır.
Ancak Google Scholar’ın kapsamı ve indeksleme yapısı PubMed, MEDLINE, Scopus veya Web of Science gibi editoryal olarak belirlenmiş bibliyografik veritabanlarıyla aynı değildir.
Bu nedenle özellikle tıbbi içerik hazırlanırken Google Scholar’daki bir sonucu doğrudan “kanıt” olarak değerlendirmek yerine, bulunan çalışmanın asıl bilimsel yayın kaynağının ayrıca kontrol edilmesi gerekir.
En uygun kullanım alanları:
- Genel akademik kaynak keşfi
- Tez ve konferans bildirisi arama
- Atıf zinciri araştırma
- Daha zor bulunan yayınları keşfetme
- Açık erişimli kopyaları bulma
7. Europe PMC
Europe PMC, yaşam bilimleri ve biyomedikal literatür için geliştirilmiş, ücretsiz kullanılabilen Avrupa merkezli bir araştırma platformudur. EMBL-EBI tarafından geliştirilir ve çeşitli uluslararası kuruluşlarla birlikte çalışır.
Platform yalnızca yayın kayıtlarını değil;
- araştırma makalelerini,
- derlemeleri,
- ön baskıları,
- protokolleri,
- kitap ve kitap bölümlerini,
- araştırma verileriyle bağlantıları
da sunabilir.
Europe PMC’nin önemli özelliklerinden biri, yayınları ilgili veri setleri, protokoller, ön baskılar ve diğer araştırma kaynaklarıyla ilişkilendirebilmesidir.
En uygun kullanım alanları:
- Biyomedikal literatür taraması
- Açık erişimli makale arama
- Ön baskı araştırmaları
- Araştırma verilerine ulaşma
- PubMed’e alternatif veya tamamlayıcı arama
- Yayın ile ilgili veri kaynaklarının keşfi
8. Dimensions
Dimensions, bilimsel araştırma ekosistemindeki farklı veri türlerini birbirine bağlamayı amaçlayan kapsamlı bir araştırma platformudur.
Yayınların yanında araştırma ekosistemindeki;
- atıflar,
- araştırma fonları,
- klinik çalışmalar,
- patentler
gibi farklı bilgi türleri arasındaki bağlantıların incelenmesine olanak sağlar.
Bu özelliği nedeniyle yalnızca “hangi makaleler yayınlandı?” sorusundan ziyade, bir araştırma alanının nasıl geliştiğini ve hangi yayın, fon, klinik çalışma veya patentlerle ilişkili olduğunu incelemek için kullanılabilir.
En uygun kullanım alanları:
- Araştırma trendleri
- Bibliyometrik analiz
- Atıf analizi
- Araştırma fonlarının incelenmesi
- Klinik araştırmaların araştırma literatürüyle ilişkilendirilmesi
- Patent ve bilimsel yayın bağlantılarının araştırılması
9. The Lens
The Lens, bilimsel yayınlarla patent literatürünü aynı araştırma ortamında ilişkilendirmeye olanak sağlayan bir platformdur.
Bilimsel yayınların yanında patent kayıtlarının da incelenebilmesi, özellikle biyoteknoloji, ilaç geliştirme, tıbbi cihazlar ve teknoloji transferi gibi alanlarda önemlidir.
The Lens, bilimsel çalışmalar ile patentler arasında bağlantılar kurabilir. Örneğin bir bilimsel makalenin hangi patentlerde kaynak olarak gösterildiği veya belirli bir patentin hangi bilimsel çalışmalara dayandığı araştırılabilir.
En uygun kullanım alanları:
- Biyoteknoloji araştırmaları
- İlaç ve tıbbi teknoloji araştırmaları
- Patent-litetarür ilişkisi
- Bilimsel araştırmaların teknolojik çıktılarının incelenmesi
- Patentlerde kullanılan bilimsel kaynakların bulunması
10. Crossref
Crossref, bilimsel yayınların bibliyografik metadata bilgilerinin ve DOI kayıtlarının bulunmasında kullanılan önemli bir altyapıdır.
Makale başlığı, yazar adı, DOI, ORCID gibi bilgiler üzerinden yayın araması yapılabilir.
Crossref’i bir klinik literatür veritabanından ziyade bilimsel yayınların kimliğini ve bibliyografik bilgilerini doğrulamak için kullanılan bir metadata kaynağı olarak değerlendirmek daha doğrudur.
En uygun kullanım alanları:
- DOI doğrulama
- Makale künyesi doğrulama
- Yayın başlığı ve yazar kontrolü
- Dergi ve kitap metadata bilgileri
- DOI üzerinden yayın bulma
- Bibliyografya oluşturma ve kontrol etme
11. OpenAlex
OpenAlex, akademik araştırma sistemine ait yayınları, araştırmacıları, kurumları, dergileri, konu alanlarını ve fon sağlayıcıları birbirleriyle ilişkilendiren açık bir bilimsel metadata altyapısıdır.
OpenAlex’in önemli özelliklerinden biri verilerinin açık olmasıdır. Platform; çalışmalar, yazarlar, kaynaklar, kurumlar, konular ve fon sağlayıcılar gibi farklı varlık türlerini birbirine bağlar.
Ayrıca OpenAlex API üzerinden veriler programatik olarak sorgulanabilir. Çalışmalar; yayın yılı, açık erişim durumu, yazar, kurum, konu ve atıf sayısı gibi çeşitli kriterlere göre filtrelenebilir.
En uygun kullanım alanları:
- Büyük ölçekli literatür taraması
- Bibliyometrik analiz
- Atıf ağlarının incelenmesi
- Araştırmacı ve kurum analizi
- Yayın trendlerinin çıkarılması
- Açık erişim araştırmaları
- Veri analizi ve akademik araştırma otomasyonu
OpenAlex, özellikle programatik literatür analizi yapmak isteyen araştırmacılar için diğer bazı ticari veritabanlarına alternatif oluşturabilir.
12. Semantic Scholar
Semantic Scholar, Allen Institute for AI (Ai2) tarafından geliştirilen ücretsiz, yapay zekâ destekli akademik literatür arama ve keşif platformudur.
Platform yalnızca anahtar kelime eşleşmesine dayalı arama yapmakla kalmayıp, bilimsel çalışmalar arasındaki anlamlı bağlantıların ve ilişkilerin keşfedilmesine yardımcı olacak araçlar sunar. Semantic Scholar, 200 milyondan fazla akademik çalışmayı indekslediğini belirtmektedir.
Özellikle çok sayıda yayın bulunan konularda ilgili makaleleri hızlı biçimde keşfetmek açısından kullanılabilir.
En uygun kullanım alanları:
- Makale keşfi
- Benzer çalışmaların bulunması
- Atıf ilişkilerinin incelenmesi
- Araştırma konusu hakkında hızlı literatür taraması
- Büyük literatür kümeleri içerisinde ilgili çalışmaların bulunması
13. BASE – Bielefeld Academic Search Engine
BASE (Bielefeld Academic Search Engine), özellikle akademik web kaynakları, kurumsal arşivler ve açık erişimli bilimsel içeriklerin keşfedilmesine yönelik akademik arama motorudur.
PubMed veya Embase gibi yalnızca biyomedikal literatüre odaklanmaz. Bu nedenle tıbbi araştırmalarda daha çok tamamlayıcı kaynak keşfi amacıyla değerlendirilebilir.
En uygun kullanım alanları:
- Kurumsal arşivlerin taranması
- Açık erişimli akademik yayınların bulunması
- Tez ve akademik belgelerin keşfi
- Üniversite arşivlerinin araştırılması
- Ana veritabanlarında bulunması zor kaynakların aranması
14. CORE
CORE, dünyanın farklı üniversite ve araştırma kuruluşlarının açık erişimli yayınlarını bir araya getiren büyük bir akademik altyapıdır.
CORE, kurumsal arşivlerden ve akademik dergilerden gelen metadata ile tam metin içerikleri indeksler. Platform kendi verilerine göre yüz milyonlarca açık erişimli araştırma makalesini arama imkânı sunmaktadır.
Bu nedenle özellikle ücretli dergi platformlarında bulunan bir çalışmanın yasal açık erişimli bir kopyasını veya kurumsal arşivdeki sürümünü bulmak için yararlı olabilir.
En uygun kullanım alanları:
- Açık erişimli makale bulma
- Kurumsal arşiv taraması
- Tam metin araştırması
- Akademik yayınların açık sürümlerini keşfetme
- Büyük ölçekli açık bilim araştırmaları
15. WorldWideScience
WorldWideScience, farklı ülkelerdeki bilimsel ve teknik bilgi kaynaklarını tek bir arama ortamında keşfetmeye yönelik küresel bilimsel arama platformudur.
Özellikle farklı ülkelerin ve kurumların bilimsel koleksiyonlarına ulaşmak açısından tamamlayıcı bir kaynak olarak kullanılabilir. Platformun temel özelliklerinden biri, farklı bilimsel koleksiyonlarda çok dilli ve federatif arama yapılmasını desteklemesidir.
En uygun kullanım alanları:
- Uluslararası bilimsel literatür taraması
- Farklı ülkelerdeki bilimsel koleksiyonların araştırılması
- Teknik ve bilimsel raporların keşfi
- Ana akım veritabanlarında bulunması zor kaynakların araştırılması
16. NCBI Bookshelf
ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi’nin NCBI platformu içerisinde yer alan Bookshelf, biyomedikal ve sağlık bilimleri alanındaki kitap, rapor, kılavuz ve diğer bilimsel içeriklere erişim sağlar.
Özellikle bir hastalığın temel mekanizmasını, klinik özelliklerini veya tıbbi terminolojisini araştırırken makalelere tamamlayıcı kaynak olarak kullanılabilir.
Kullanım alanları: Tıbbi temel bilgiler, klinik referans kitapları, bilimsel kitap bölümleri, sağlık bilimleri kaynakları.
17. NCBI Literature Resources
NCBI Literature Resources
NCBI’nin literatür kaynakları; PubMed, PMC ve Bookshelf gibi farklı biyomedikal bilgi kaynaklarının birlikte değerlendirilmesine yardımcı olur.
Özellikle biyomedikal literatürü NCBI ekosistemi içerisinde farklı içerik türleriyle birlikte araştırmak için kullanılabilir.
18. NLM Catalog
NLM Catalog, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi koleksiyonlarında bulunan dergiler, kitaplar ve diğer bibliyografik materyaller hakkında bilgi sağlar.
Özellikle bir tıp dergisinin veya yayın kaynağının NLM koleksiyonlarındaki durumunu araştırmak ve bibliyografik bilgi doğrulamak için kullanılabilir.
19. DOAJ – Directory of Open Access Journals
DOAJ, açık erişimli bilimsel dergilerin ve makalelerin keşfedilmesini sağlayan önemli bir dizindir.
Biyomedikal araştırmalarda ücretsiz tam metin yayınları bulmak, açık erişimli dergileri araştırmak ve belirli bir konuda açık erişimli yayınları keşfetmek için kullanılabilir.
Kullanım alanları:
- Açık erişimli dergi araştırması
- Ücretsiz tam metin makale bulma
- Açık erişim yayınlarının keşfi
- Dergi araştırması
20. Unpaywall
Unpaywall, bilimsel makalelerin yasal olarak erişilebilen açık erişim sürümlerini bulmaya yardımcı olan bir hizmettir.
Bir makale ücretli bir yayıncı sayfasında bulunuyorsa, Unpaywall üzerinden makalenin üniversite veya araştırma kurumu arşivinde bulunan yasal açık erişim sürümü bulunabilir.
Bu nedenle Unpaywall birincil literatür veritabanından ziyade açık erişim makale bulma aracı olarak değerlendirilmelidir.
21. ORCID
ORCID, araştırmacılara benzersiz araştırmacı kimliği sağlayan uluslararası bir sistemdir.
Özellikle aynı veya benzer isimlere sahip araştırmacıların yayınlarını birbirinden ayırmak, belirli bir araştırmacının yayınlarını takip etmek ve yazar kimliğini doğrulamak açısından önemlidir.
Kullanım alanları:
- Araştırmacı kimliği doğrulama
- Yazar yayınlarının takibi
- Kurumsal araştırma analizi
- Bibliyografik veri temizleme
22. OpenDOAR
OpenDOAR, akademik açık erişim depolarının küresel dizinlerinden biridir.
Üniversiteler ve araştırma kurumları tarafından işletilen kurumsal arşivlerin bulunmasına yardımcı olur. Bir makalenin yayıncı sayfasında tam metnine ulaşılamadığında, ilgili kurumsal depoyu bulmak için kullanılabilir.
23. ROAD – ISSN International Centre
ROAD, ISSN International Centre tarafından sunulan açık bilimsel kaynakların dizinlenmesine yönelik bir hizmettir.
Bilimsel dergiler, konferans bildirileri, akademik koleksiyonlar ve diğer seri yayın kaynakları hakkında bibliyografik bilgi araştırmak için kullanılabilir.
Genel kullanım açısından kaynakların ayrımı
Bu listenin web sitesinde daha anlaşılır olması için kaynakları yalnızca alfabetik olarak sıralamak yerine hangi iş için kullanılabileceklerine göre ayırmak daha faydalı olur:
| Amaç | Öncelikli kaynaklar |
| Biyomedikal makale arama | PubMed / MEDLINE |
| MeSH ile sistematik konu araması | PubMed / MEDLINE |
| Ücretsiz tam metin makale | PMC, Europe PMC, CORE |
| İlaç ve farmakoloji literatürü | Embase |
| Klinik literatürün genişletilmesi | PubMed + Embase |
| Atıf takibi | Scopus, Web of Science, Google Scholar |
| Bibliyometrik analiz | Scopus, Web of Science, OpenAlex |
| Açık bilimsel metadata | OpenAlex, Crossref |
| DOI doğrulama | Crossref |
| Yazar kimliği | ORCID |
| Patent-bilim bağlantısı | The Lens |
| Araştırma fonu/yayın/klinik çalışma bağlantıları | Dimensions |
| Akademik makale keşfi | Semantic Scholar, Google Scholar |
| Açık erişim yayın bulma | CORE, DOAJ, Europe PMC |
| Kurumsal arşiv bulma | OpenDOAR, BASE, CORE |
| Uluslararası bilimsel kaynak keşfi | WorldWideScience |
| Kitap ve tıbbi referans eserler | NCBI Bookshelf |
Özellikle tıbbi içerik üretirken önemli ayrım
Bu listedeki kaynakların aynı bilimsel işlevi görmediğini belirtmek gerekmektedir. Örneğin PubMed/MEDLINE ve Embase doğrudan biyomedikal literatür taramasının temel kaynakları arasında değerlendirilirken; Crossref esas olarak metadata ve DOI doğrulama, ORCID araştırmacı kimliği, OpenAlex açık bilimsel metadata, CORE ise açık erişimli içerik keşfi için kullanılır.
Ayrıca sistematik derleme yapılacaksa yalnızca Google Scholar veya Semantic Scholar gibi genel akademik arama araçlarına dayanmak yerine, sorunun niteliğine göre PubMed/MEDLINE, Embase ve gerektiğinde Cochrane CENTRAL, Web of Science veya Scopus gibi kaynakların birlikte değerlendirilmesi daha uygun bir yaklaşım olur.
