Patoloji, Histopatoloji, Sitopatoloji ve Moleküler Patoloji Bilgi Kaynakları
Patoloji kaynakları yalnızca mikroskop altında doku incelemesini kapsamaz. Modern patoloji; histopatoloji, sitopatoloji, immünohistokimya, moleküler patoloji, kanser biyobelirteçleri, dijital patoloji, tümör sınıflandırması, patoloji raporlama standartları, genomik veriler ve yapay zekâ destekli görüntü analizini birlikte kapsayan geniş bir alandır.
Bu nedenle kapsamlı bir tıbbi kaynak rehberinde patoloji kaynaklarını yalnızca birkaç uzmanlık derneğiyle sınırlamak yeterli değildir. Özellikle kanser konusunda WHO Classification of Tumours, CAP Cancer Protocols, ICCR, RCPath, AMP ve WHO Cytopathology Reporting Systems gibi standart kaynaklar; tanı ve raporlamanın yanında moleküler testler, biyobelirteçler ve dijital patoloji kaynaklarıyla birlikte değerlendirilmelidir.
WHO Classification of Tumours
WHO Classification of Tumours Online
WHO Classification of Tumours, tümörlerin sınıflandırılması açısından en temel uluslararası referanslardan biridir. IARC tarafından WHO çatısı altında hazırlanan bu kaynak, tümörlerin morfolojik özelliklerinin yanı sıra moleküler ve genetik özelliklerini de modern tümör sınıflandırmasına dahil eder.
WHO’nun çevrimiçi sistemi, güncel tümör sınıflandırmalarını aranabilir biçimde sunar ve yüksek çözünürlüklü görüntüler ile whole-slide image içerikleri de barındırır. Sistem, yeni ciltlerin eklenmesiyle düzenli olarak güncellenmektedir.
Özellikle:
- tümörün doğru sınıflandırılması,
- histolojik tip,
- moleküler özellikler,
- tümör alt tipleri,
- tanısal kriterler,
- ayırıcı tanı,
- prognostik ve prediktif özellikler
araştırılırken başvurulması gereken temel kaynaklardan biridir.
WHO Reporting Systems for Cytopathology
WHO Reporting Systems for Cytopathology
WHO Reporting Systems for Cytopathology, sitopatoloji sonuçlarının standart kategorilerle raporlanmasını amaçlayan sistemlerdir.
WHO/IARC ile International Academy of Cytology’nin ortak çalışmalarıyla geliştirilen bu sistemlerde sitolojik tanılar hiyerarşik kategoriler halinde yapılandırılır ve kategoriler klinik yönetim önerileriyle ilişkilendirilir.
Bu yaklaşım özellikle:
- tiroid sitolojisi,
- akciğer sitolojisi,
- pankreatobiliyer sitoloji,
- lenf nodu sitolojisi,
- yumuşak doku sitolojisi,
- jinekolojik sitoloji
gibi alanlarda önemlidir.
College of American Pathologists (CAP)
College of American Pathologists
College of American Pathologists (CAP), patoloji ve laboratuvar tıbbının en önemli uluslararası meslek kuruluşlarından biridir.
CAP; kanser raporlaması, biyobelirteçler, laboratuvar kalitesi, immünohistokimya, moleküler testler ve patoloji laboratuvarlarının kalite standartları konusunda kapsamlı kaynaklar yayımlar.
Özellikle CAP Cancer Protocols ve CAP Guidelines patoloji kaynak rehberinin temel bileşenleri arasında bulunmalıdır.
CAP Cancer Protocols
CAP Cancer Protocols, malign tümörlerin patoloji raporlarında bulunması gereken temel veri unsurlarını standartlaştırmaya yönelik protokollerdir.
Protokoller; farklı tümör bölgeleri için:
- histolojik tip,
- tümör boyutu,
- diferansiyasyon ve grade,
- lenf nodu durumu,
- cerrahi sınırlar,
- lenfovasküler/perinöral invazyon,
- patolojik evreleme,
- özel çalışmalar,
- uygun durumlarda biyobelirteçler
gibi bilgilerin sistematik biçimde raporlanmasına yardımcı olur.
CAP, protokollerin WHO Classification of Tumours ve AJCC staging sistemi gibi güncel standartlarla uyumlu biçimde güncellendiğini belirtmektedir.
Bu nedenle bir kanser patoloji raporunun hangi unsurları içermesi gerektiği araştırılırken en önemli kaynaklardan biridir.
CAP Biomarker Reporting Protocols
CAP’in Biomarker Reporting Protocols kaynakları, kanserlerde klinik açıdan önemli biyobelirteçlerin raporlanmasına yönelik standartlar sağlar.
Örneğin uygun tümörlerde:
- HER2,
- ER/PR,
- PD-L1,
- mismatch repair,
- MSI,
- TMB,
- HPV,
- çeşitli moleküler değişiklikler
gibi biyobelirteçlerin değerlendirilmesiyle ilgili kaynaklar bulunabilir.
CAP’in güncel kılavuzları arasında meme kanserinde HER2, ER/PR; akciğer tümörlerinde PD-L1 ve TMB; mismatch repair/MSI ve çeşitli moleküler tanı konuları yer almaktadır.
CAP Guidelines
CAP Guidelines, patoloji ve laboratuvar tıbbında kanıta dayalı kılavuzları bir araya getirir.
Bu bölüm özellikle tanısal testlerin kullanımı, biyobelirteçler, immünohistokimya ve moleküler testler açısından önemlidir.
Örneğin güncel CAP kılavuzları arasında:
- akciğer tümörlerinde PD-L1 ve TMB,
- meme kanserinde HER2,
- mismatch repair ve MSI,
- diffüz gliomların tanısal testleri,
- lenfoma laboratuvar değerlendirmesi,
- immünohistokimyasal testlerin analitik validasyonu,
- baş-boyun kanserlerinde HPV testi
gibi konular bulunmaktadır.
International Collaboration on Cancer Reporting (ICCR)
International Collaboration on Cancer Reporting (ICCR)
ICCR, kanser patolojisi raporlamasının uluslararası düzeyde standardizasyonunu amaçlayan önemli bir kuruluştur.
ICCR veri setleri, belirli tümör türlerinde patoloji raporlarında hangi klinik ve patolojik unsurların bulunmasının önemli olduğunu belirlemeye yardımcı olur.
Bu kaynak özellikle farklı ülkelerde veya farklı hastanelerde hazırlanan kanser patoloji raporlarının karşılaştırılabilirliği ve standardizasyonu açısından önemlidir.
Royal College of Pathologists (RCPath)
Royal College of Pathologists (RCPath), Birleşik Krallık’ta patoloji uzmanlığının temel kuruluşlarından biridir.
Histopatoloji, sitopatoloji, hematopatoloji, moleküler patoloji ve diğer patoloji alt dallarında:
- raporlama standartları,
- veri setleri,
- klinik kılavuzlar,
- kalite standartları,
- eğitim kaynakları
yayımlar.
Özellikle İngiltere’deki pathology reporting datasets kaynakları, tümör türlerine göre raporlama gerekliliklerini araştırmak için değerlidir.
Pathology Outlines
Pathology Outlines, histopatoloji ve patoloji eğitimi için geniş kapsamlı bir çevrimiçi başvuru kaynağıdır.
Hastalık sayfalarında genellikle:
- klinik özellikler,
- mikroskopik bulgular,
- immünohistokimya,
- moleküler özellikler,
- ayırıcı tanı,
- prognoz,
- evreleme,
- ilgili kaynaklar
gibi bilgiler bulunur.
Birincil araştırmanın veya resmi klinik kılavuzun yerine geçmez; ancak belirli bir patoloji konusuna hızlı biçimde genel bakış sağlamak için kullanışlıdır.
Moleküler Patoloji
Association for Molecular Pathology (AMP)
Association for Molecular Pathology
Association for Molecular Pathology (AMP), moleküler tanı ve moleküler patoloji alanında önemli uzmanlık kuruluşlarından biridir.
Özellikle kanser genomikleri, NGS, moleküler biyobelirteçler ve klinik moleküler testler açısından önemlidir.
AMP kaynakları şu konularda kullanılabilir:
- moleküler testlerin klinik kullanımı,
- NGS,
- somatik varyantların değerlendirilmesi,
- kanser biyobelirteçleri,
- moleküler laboratuvar kalite standartları,
- test doğrulama ve validasyon.
ASCO / CAP / AMP Moleküler Biyobelirteç Kılavuzları
Onkoloji ile moleküler patolojinin kesiştiği noktada ASCO, CAP ve AMP tarafından hazırlanan ortak kılavuzlar özellikle değerlidir.
Bu kaynaklar belirli kanser türlerinde hangi moleküler değişikliklerin veya biyobelirteçlerin klinik karar verme açısından önemli olduğunu değerlendirmeye yardımcı olur.
Bu nedenle yalnızca patoloji derneklerinin değil, onkoloji + patoloji + moleküler tanı ortak çalışmalarının da takip edilmesi gerekir.
İmmünohistokimya
CAP Principles of Analytic Validation of Immunohistochemical Assays
CAP Immunohistochemistry Validation Guideline
İmmünohistokimya sonuçlarının klinik kararları etkileyebildiği durumlarda kullanılan testlerin doğruluğu ve güvenilirliği kritik öneme sahiptir.
CAP’in immünohistokimyasal testlerin analitik validasyonuna ilişkin güncel kılavuzu, tanısal ve prediktif amaçlarla kullanılan IHC testlerinin validasyon ve doğrulama süreçlerine yönelik öneriler içerir.
Bu nedenle patoloji kaynak rehberinde IHC validasyonu ayrı bir başlık olarak bulunmalıdır.
ASCO/CAP HER2 Testing Guideline
Meme kanserinde HER2 değerlendirmesi, patoloji ile onkolojik tedavinin doğrudan kesiştiği alanlardan biridir.
ASCO/CAP kılavuzları HER2 testlerinin değerlendirilmesine yönelik standartları ele alır. CAP’in güncel kılavuz listesinde 2023 HER2 güncellemesi de yer almaktadır.
ASCO/CAP ER/PR Testing Guideline
ASCO/CAP ER/PgR Guideline
Meme kanserinde östrojen reseptörü (ER) ve progesteron reseptörü (PgR/PR) değerlendirmesi tedavi kararları açısından önemlidir.
ASCO/CAP kılavuzu, özellikle test doğruluğu ve düşük pozitif/negatif sonuçların değerlendirilmesi gibi konuları ele alır.
Sitopatoloji
International Academy of Cytology (IAC)
International Academy of Cytology
International Academy of Cytology, sitopatoloji alanındaki uluslararası uzmanlık kuruluşlarından biridir.
Sitolojik tanı, eğitim, terminoloji ve raporlama standartları açısından önemli kaynaklar sağlar.
American Society for Cytopathology (ASC)
American Society for Cytopathology
American Society for Cytopathology, sitopatoloji alanında klinik uygulama, eğitim ve araştırma kaynakları sağlayan önemli bir uzmanlık kuruluşudur.
Bethesda System for Reporting Cervical Cytology
Servikal sitoloji için Bethesda System, sitolojik bulguların standart terminolojiyle raporlanmasını sağlayan temel sistemdir.
Servikal kanser taraması, HPV ve servikal intraepitelyal lezyonların değerlendirilmesine ilişkin literatür araştırmalarında önemli bir referanstır.
Bethesda System for Reporting Thyroid Cytopathology
Tiroid nodüllerinin ince iğne aspirasyon sitolojisinde Bethesda System for Reporting Thyroid Cytopathology, sitolojik bulguların standart kategoriler altında raporlanmasında kullanılır.
Özellikle:
- tiroid nodülü,
- ince iğne aspirasyonu,
- indeterminate sitoloji,
- malignite riski,
- moleküler testler
konularında araştırma yapılırken temel kaynaklardan biridir.
Dijital Patoloji
Digital Pathology Association (DPA)
Digital Pathology Association, dijital patolojinin klinik uygulama ve araştırmalardaki kullanımına odaklanır.
Whole-slide imaging, dijital patoloji altyapısı, görüntü analizi, yapay zekâ ve dijital patoloji eğitimi açısından önemli bir kaynaktır.
DICOM
DICOM, tıbbi görüntülerin saklanması ve paylaşılması için kullanılan uluslararası standarttır.
Dijital patolojide Whole Slide Imaging verilerinin standardizasyonu açısından da önem kazanmıştır.
DICOM Whole Slide Imaging
DICOM’un Whole Slide Imaging standardı, dijital patoloji görüntülerinin standartlaştırılmış biçimde saklanması ve sistemler arasında paylaşılmasına yönelik teknik altyapı sağlar.
Bu kaynak özellikle:
- dijital patoloji,
- whole-slide imaging,
- görüntü arşivleri,
- patoloji bilgi sistemleri,
- yapay zekâ,
- görüntülerin birlikte çalışabilirliği
konularında önemlidir.
CAP Validating Whole Slide Imaging for Diagnostic Purposes
CAP’in whole-slide imaging validasyonuna ilişkin kılavuzu, dijital patoloji sistemlerinin tanısal amaçlarla kullanılabilmesi için validasyon konusunu ele alır.
Bu nedenle dijital patolojide yalnızca görüntüleme teknolojisini değil, klinik tanısal kullanımın doğrulanmasını araştıranlar için önemli bir kaynaktır. CAP’in güncel kılavuzları arasında whole-slide imaging validasyonuna ilişkin güncelleme de bulunmaktadır.
Protein ve Doku Ekspresyonu
Human Protein Atlas
Human Protein Atlas (HPA), insan proteinlerinin farklı dokulardaki ve hücresel yapılardaki dağılımını araştırmak için kullanılan kapsamlı bir veri kaynağıdır.
Patoloji açısından özellikle:
- protein ekspresyonu,
- dokuya özgü ekspresyon,
- immünohistokimya,
- hücresel lokalizasyon,
- kanser dokularındaki protein ekspresyonu
konularında kullanılabilir.
Kanser Genomikleri ve Patoloji Verileri
The Cancer Genome Atlas (TCGA)
TCGA, çok sayıda kanser türünün genomik, moleküler ve klinik özelliklerini araştırmak için oluşturulmuş kapsamlı kanser araştırma projesidir.
Patoloji açısından değeri, histopatolojik özelliklerin moleküler verilerle ilişkilendirilebilmesidir.
NCI Genomic Data Commons (GDC)
GDC, NCI tarafından desteklenen kanser genomik verilerinin depolanması, standardizasyonu ve analizine yönelik veri altyapısıdır.
TCGA ve TARGET gibi büyük kanser araştırma programlarının verilerine erişim açısından önemlidir.
NCI Imaging Data Commons
NCI Imaging Data Commons (IDC), kanser görüntüleme verilerinin araştırılmasına yönelik NCI altyapısıdır.
Patoloji, radyoloji ve genomik verilerin birlikte incelendiği multimodal araştırmalarda kullanılabilir.
The Cancer Imaging Archive (TCIA)
TCIA, kanser görüntülerinden oluşan araştırma veri koleksiyonlarını sağlar.
CT, MR, PET ve diğer görüntüleme türlerinin yanı sıra bazı koleksiyonlarda klinik, patolojik veya genomik verilerle bağlantılar bulunabilir.
Bu nedenle patoloji ile radyoloji arasındaki araştırmalar için tamamlayıcı bir kaynaktır.
Patoloji Terminolojisi ve Kodlama
SNOMED CT
SNOMED CT, klinik kavramların standart biçimde kodlanmasını sağlayan kapsamlı bir sağlık terminolojisidir.
Patoloji tanılarının elektronik sağlık kayıtlarında, laboratuvar bilgi sistemlerinde ve araştırma veri tabanlarında standartlaştırılması açısından önemlidir.
ICD-O
International Classification of Diseases for Oncology (ICD-O), özellikle kanserlerin anatomik yerleşimi ve morfolojik özelliklerinin kodlanmasında kullanılır.
Kanser kayıtları, epidemiyoloji ve popülasyon temelli kanser araştırmaları açısından temel sınıflandırma sistemlerinden biridir.
OncoTree
OncoTree, tümör tiplerinin standart bir ontoloji altında sınıflandırılmasını sağlayan bir sistemdir.
Özellikle kanser genomikleri, biyoinformatik ve klinik araştırma veri setlerinde tümör tiplerinin ortak terminolojiyle tanımlanmasına yardımcı olur.
Patoloji Veri ve Araştırma Kaynakları
BioStudies
BioStudies, biyolojik araştırmalara ait deneysel verilerin ve ilişkili materyallerin paylaşılması için EMBL-EBI tarafından sağlanan veri altyapılarından biridir.
Patoloji açısından özellikle görüntüleme, genomik ve fonksiyonel biyoloji verilerinin birlikte araştırıldığı çalışmalarda yararlı olabilir.
EMBL-EBI
EMBL-EBI, Avrupa’nın temel biyoinformatik altyapılarından biridir.
Genomik, protein, moleküler biyoloji ve biyolojik veri tabanları açısından patoloji araştırmalarını tamamlayan çok sayıda veri kaynağı sağlar.
Patoloji ve Yapay Zekâ
Dijital patolojinin gelişmesiyle birlikte patoloji kaynak rehberine yapay zekâ ve hesaplamalı patoloji kaynaklarının da eklenmesi gerekir.
Bu alanlarda özellikle:
- whole-slide image analizi,
- tümör sınıflandırması,
- hücre tespiti,
- tümör alanı segmentasyonu,
- biyobelirteç tahmini,
- prognostik modelleme,
- dijital görüntü tabanlı araştırmalar
üzerinde çalışmalar yürütülmektedir.
Bu kaynaklar klinik tanı kılavuzu olarak değil, araştırma ve teknoloji kaynağı olarak değerlendirilmelidir.
| Alan | Önemli kaynaklar |
| Tümör sınıflandırması | WHO Classification of Tumours, IARC |
| Kanser patolojisi | CAP, CAP Cancer Protocols |
| Uluslararası raporlama | ICCR |
| Patoloji standartları | RCPath |
| Patoloji eğitimi | Pathology Outlines |
| Moleküler patoloji | AMP |
| Biyobelirteçler | CAP Guidelines, ASCO/CAP, AMP |
| İmmünohistokimya | CAP IHC Guidelines |
| Meme biyobelirteçleri | ASCO/CAP ER/PR, ASCO/CAP HER2 |
| Sitopatoloji | IAC, ASC |
| Servikal sitoloji | Bethesda System |
| Tiroid sitolojisi | Bethesda Thyroid Cytopathology |
| Diğer sitoloji sistemleri | WHO Reporting Systems for Cytopathology |
| Dijital patoloji | DPA |
| Whole-slide imaging | DICOM WSI |
| Dijital patoloji validasyonu | CAP WSI Guideline |
| Protein ekspresyonu | Human Protein Atlas |
| Kanser genomikleri | TCGA, GDC |
| Kanser görüntüleri | TCIA, NCI Imaging Data Commons |
| Patoloji terminolojisi | SNOMED CT |
| Kanser kodlama | ICD-O |
| Tümör ontolojisi | OncoTree |
| Biyolojik veri | EMBL-EBI, BioStudies |
| Araştırma verileri | GDC, TCGA, BioStudies |
| Yapay zekâ patolojisi | DPA, DICOM, TCGA, TCIA, GDC |
